Podmorje

Nedovoljno poznate vrijednosti Brijuna sakrivene ispod morske površine, koja čini gotovo 80 % zaštićenog područja. Značajno za sjeverni Jadran, podmorje je vrlo plitko i dostiže najveću dubinu od 50 metara, ali velika dubina nije presudna za biološko bogatstvo, baš suprotno. Kao i obližnja zapadna obala Istre, podmorje Brijuna obiluje vrlo različitim staništima i njima prilagođenim vrstama. Ovaj najsjeverniji i najhladniji dio Sredozemnog mora određen je i golemim riječnim unosima hranjivih soli, što omogućuju veliku brojnost morskih organizama. Iako je sam broj vrsta manji u odnosu na južnije dijelove Jadrana, dugogodišnja provedba ciljanih mjera zaštite stvorila je od brijunskog podmorja jedno od žarišta bioraznolikosti čiji se pozitivni utjecaji odražavaju i na okolno nezaštićeno morsko područje. 

Morska obala na granici je između prividno dva zasebna svijeta, onoga kopnenog te morskog. No malobrojni organizmi na vapnenačkim stijenama vrlo su dobar pokazatelj kako ondje u većoj ili manjoj mjeri, ovisno o položaju, na njih djeluju ekstremne, preklapajuće sile mora, sunca i soli.

Od većih životinja u vodama parka mogu se vidjeti dobri dupin (Tursiops truncatus) i glavata želva (Caretta caretta), ali i ptice koje su životom vezane za more, poput morskog vranca (Gulosus aristotelis), koji se i gnijezdi na brijunskim otocima.